Биоинформатика и задачи распознавания в современной биологии (курс лекций, И.Ю. Торшин)

Материал из MachineLearning.

(Различия между версиями)
Перейти к: навигация, поиск
(План лекций)
(План лекций)
Строка 32: Строка 32:
=== Лекция 9. Задачи 1Dб-1Dб ===
=== Лекция 9. Задачи 1Dб-1Dб ===
-
=== Лекция 10. Задача распознавания вторичной структуры- основы формализма. Другие задачи 1Dб-2Dб ===
+
=== Лекция 10. Задача распознавания вторичной структуры- основы формализма ===
=== Лекция 11. Задачи 1Dб-Ф и 3D-Ф и задача аннотации генома ===
=== Лекция 11. Задачи 1Dб-Ф и 3D-Ф и задача аннотации генома ===

Версия 12:06, 10 сентября 2010

Содержание

Московский физико-технический институт, Факультет управления и прикладной математики

Курс читается студентам 6-го курса кафедры "Интеллектуальные системы"

Аннотация

Современную биологию отличает накопление огромных массивов разнородных данных при практически полном отсутствии каких-либо фундаментальных теоретических обощений. При такой ситуации в проблемной области, методы интеллектуального анализа данных являются основным инструментом исследователя. В курсе лекций рассмотрены уникальные особенности биологических данных, которые приводят к задачам распознавания и классификации неизвестным в физике и химии. Формулируется система задач распознавания, отражающая структуру биологических систем. Рассмотрены основы формализма, разрабатываемого для решения задач биоинформатики и основанного на теории универсальных и локальных органичений в рамках алгебраического подхода к распознаванию.

Организационная часть

Данный курс следует расматривать как область практического приложения знаний, накопленных студентами за 5 лет обучения в МФТИ. Поэтому, курс лекций НЕ является только "общеобразовательным курсом". В настоящее время, семестровый курс содержит 32 часа лекций. В ходе лекций будут объявляться практические задания. Студенты могут сами формулировать темы исследовательских задач в ходе прослушивания лекций. После выбора задачи, обсуждаются требования к работе. До начала зачета (устное собеседование) необходимо сдать отчет об исследовательской работе (3-4 стр), проведенной по выбранной задачи из области биологии.

План лекций

Лекция 1. Проблемная область - биология

Лекция 2. От клеточной биологии к задачам распознавания

Лекция 3. Биологические данные, объекты и подходы к формализации задач

Лекция 4. Задачи 1D-1D -- сравнение и классификация символьных последовательностей

Лекция 5. Задачи 1Dднк

Лекция 6. Задачи 1Dднк и 3Dднк

Лекция 7. Задачи 1Dрнк, 2Dрнк, 3Dрнк

Лекция 8. Рентгено- структурный анализ и ЯМР белков, задачи 3Dб-3Dб и 3Dб-2Dб

Лекция 9. Задачи 1Dб-1Dб

Лекция 10. Задача распознавания вторичной структуры- основы формализма

Лекция 11. Задачи 1Dб-Ф и 3D-Ф и задача аннотации генома

Лекция 12. Анализ и синтез биологических сетей

Лекция 13. Молекулярная фармакология и хемоинформатика

Лекция 14. Биомедицинские и генетические исследования

Лекция 15. Анализ текстов, использование баз данных

Лекция 16. Био-логика и алгоритмы

Литература

Личные инструменты