Прогнозирование класса третичной структуры белка по первичной (пример)
Материал из MachineLearning.
(Различия между версиями)
(Новая: == Аннотация == Рассматривается задача классификации третичной структуры белка по знаниям о первичной...) |
|||
Строка 1: | Строка 1: | ||
+ | '''Прогнозирование класса третичной структуры белка по первичной''' | ||
== Аннотация == | == Аннотация == | ||
Рассматривается задача классификации третичной структуры белка по знаниям о первичной. | Рассматривается задача классификации третичной структуры белка по знаниям о первичной. |
Версия 13:07, 16 июня 2011
Прогнозирование класса третичной структуры белка по первичной
Аннотация
Рассматривается задача классификации третичной структуры белка по знаниям о первичной. Для решения задачи применяется алгоритм "Метод ближайшего соседа". Подбираются и сравниваются параметры алгоритма. Построен график точности алгоритма с доверительными интервалами в зависимости от параметров предложенного алгоритма.
Постановка задачи
Данные
Предлагается использовать базу данных "ASTRAL SCOP Genetic Domain Sequences 1.75"[1], архив PDB SEQRES records: astral-scopdom-seqres-gd-all-1.75.fa[2]
Структура данных
>d1dlya_ a.1.1.1 (A:) Protozoan/bacterial hemoglobin {Green alga (Chlamydomonas eugametos) [TaxId: 3054]} slfaklggreaveaavdkfynkivadptvstyfsntdmkvqrskqfaflayalggasewk gkdmrtahkdlvphlsdvhfqavarhlsdtltelgvppeditdamavvastrtevlnmpq
- d1dlya_ -- идентификатор эксперимента (код файла в PDB),
- a.1.1.1 -- классификатор белка, иерархическая структура разделена точками,
- slfaklggreavea... -- последовательность аминокислот (без пробелов и переносов до символа >).