Участник:EvgSokolov/Сравнение

< Участник:EvgSokolov(Различия между версиями)

Текущая версия

Метод	Фоновая поправка	Шкала	Суммаризация
vsn	глобальная	glog	множественная
RMA	глобальная	log	множественная
gcRMA	локальная	log	множественная
PLIER	локальная	glog	множественная
dChip	локальная	lin	множественная
MAS5	локальная	log	одиночная
hook	локальная	glog	одиночная

Виды фоновой поправки:

Глобальная — считается, что все пробы на одном чипе имеют одинаковый фон.
Локальная — фон каждой пробы оценивается по отдельности. Как правило, это делается с помощью интенсивностей MM-проб.

Виды шкал:

lin — линейная
log — логарифмическая
glog — обобщенно-логарифмическая, $glog(x) = log\left[ \frac{x + \sqrt{x^2 + c^2}}{2} \right]$ , где $c$ — параметр.

Виды методов суммаризации:

Одиночная — используются данные только одного чипа. Примером может служить взвешенное среднее Тьюки по набору проб, соответствующих одному гену.
Множественная — одновременно используются данные нескольких чипов. Пример такого метода — median polish.

@@ Строка 43: / Строка 43: @@
 Виды фоновой поправки:
-* Глобальная — считается, что все пробы имеют одинаковый фон.
+* Глобальная — считается, что все пробы на одном чипе имеют одинаковый фон.
 * Локальная — фон каждой пробы оценивается по отдельности. Как правило, это делается с помощью интенсивностей MM-проб.
@@ Строка 51: / Строка 51: @@
 * glog — обобщенно-логарифмическая, <tex> glog(x) = log\left[ \frac{x + \sqrt{x^2 + c^2}}{2} \right]</tex>, где <tex>c</tex> — параметр.
-Виды суммаризации:
+Виды методов суммаризации:
 * Одиночная — используются данные только одного чипа. Примером может служить [[взвешенное среднее Тьюки]] по набору проб, соответствующих одному гену.
 * Множественная — одновременно используются данные нескольких чипов. Пример такого метода — median polish.