Участник:EvgSokolov/Песочница
Материал из MachineLearning.
м |
|||
Строка 3: | Строка 3: | ||
Известно, что пробы на днк-микрочипах бывают двух типов: целевые, предназначенные для определения концентрации РНК определенных генов в растворе, и «spike-in»-пробы, комплементарные к последовательностям, отсутствующим в ДНК исследуемого организма. Как правило, «spike-in»-РНК добавляется в раствор в известных концентрациях, и эту информацию можно использовать для настройки модели интенсивности. | Известно, что пробы на днк-микрочипах бывают двух типов: целевые, предназначенные для определения концентрации РНК определенных генов в растворе, и «spike-in»-пробы, комплементарные к последовательностям, отсутствующим в ДНК исследуемого организма. Как правило, «spike-in»-РНК добавляется в раствор в известных концентрациях, и эту информацию можно использовать для настройки модели интенсивности. | ||
- | Для использования данного метода необходимо несколько чипов с одинаковыми концентрациями целевой РНК | + | Для использования данного метода необходимо несколько чипов с одинаковыми концентрациями целевой РНК и различными известными концентрациями «spike-in»-РНК. |
Рассматривается модель Ленгмюра, описывающая зависимость интенсивности свечения пробы от концентрации РНК: | Рассматривается модель Ленгмюра, описывающая зависимость интенсивности свечения пробы от концентрации РНК: |
Версия 09:14, 3 ноября 2011
Вычисление концентрации с помощью контрольных проб
Известно, что пробы на днк-микрочипах бывают двух типов: целевые, предназначенные для определения концентрации РНК определенных генов в растворе, и «spike-in»-пробы, комплементарные к последовательностям, отсутствующим в ДНК исследуемого организма. Как правило, «spike-in»-РНК добавляется в раствор в известных концентрациях, и эту информацию можно использовать для настройки модели интенсивности.
Для использования данного метода необходимо несколько чипов с одинаковыми концентрациями целевой РНК и различными известными концентрациями «spike-in»-РНК.
Рассматривается модель Ленгмюра, описывающая зависимость интенсивности свечения пробы от концентрации РНК:
,
где — номер микрочипа,
— номер набора проб,
— номер пробы в наборе,
— интенсивность свечения пробы,
— абсолютная концентрация РНК, соответствующей
-му гену
-го микрочипа,
— логарифмически нормальная случайная величина с нулевым средним;
— параметры модели.
Предполагается, что параметры описываются следующей линейной моделью:
,
где — число нуклеотидов типа A, C и G соответственно на пробе
набора
.