Метод главных компонент

Материал из MachineLearning.

(Различия между версиями)

Текущая версия

Метод Главных Компонент (англ. Principal Components Analysis, PCA) — один из основных способов уменьшить размерность данных, потеряв наименьшее количество информации. Изобретен К. Пирсоном (англ.Karl Pearson) в 1901 г. Применяется во многих областях, таких как распознавание образов, компьютерное зрение, сжатие данных и т. п. Вычисление главных компонент сводится к вычислению собственных векторов и собственных значений ковариационной матрицы исходных данных или к сингулярному разложению матрицы данных. Иногда метод главных компонент называют преобразованием Кархунена-Лоэва (англ. Karhunen-Loeve)^[1] или преобразованием Хотеллинга (англ. Hotelling transform). Другие способы уменьшения размерности данных — это метод независимых компонент, многомерное шкалирование, а также многочисленные нелинейные обобщения: метод главных кривых и многообразий, поиск наилучшей проекции (англ. Projection Pursuit), нейросетевые методы «узкого горла», самоорганизующиеся карты Кохонена и др.

Содержание

1 Формальная постановка задачи
2 Диагонализация ковариационной матрицы
3 Сингулярное разложение матрицы данных
4 Матрица преобразования к главным компонентам
5 Остаточная дисперсия
6 Оценка числа главных компонент по правилу сломанной трости
7 Нормировка
- 7.1 Нормировка после приведения к главным компонентам
- 7.2 Нормировка до вычисления главных компонент
8 Механическая аналогия и метод главных компонент для взвешенных данных
9 Устойчивость главных компонент
10 Анализ соответствий
11 Специальная терминология
12 Пределы применимости и ограничения эффективности метода
13 Примеры использования
14 Литература
15 Ссылки
16 Учебное програмное обеспечение
17 Примечания

Формальная постановка задачи

Задача анализа главных компонент, имеет, как минимум, четыре базовых версии:

аппроксимировать данные линейными многообразиями меньшей размерности;
найти подпространства меньшей размерности, в ортогональной проекции на которые разброс данных (т.е. среднеквадратичное уклонение от среднего значения) максимален;
найти подпространства меньшей размерности, в ортогональной проекции на которые среднеквадратичное расстояние между точками максимально;
для данной многомерной случайной величины построить такое ортогональное преобразование координат, что в результате корреляции между отдельными координатами обратятся в ноль.

Первые три версии оперируют конечными множествами данных. Они эквивалентны и не используют никакой гипотезы о статистическом порождении данных. Четвёртая версия оперирует случайными величинами. Конечные множества появляются здесь как выборки из данного распределения, а решение трёх первых задач — как приближение к «истинному» преобразованию Кархунена-Лоэва. При этом возникает дополнительный и не вполне тривиальный вопрос о точности этого приближения.

Аппроксимация данных линейными многообразиями

Иллюстрация к знаменитой работе К. Пирсона (1901): даны точки на плоскости, — расстояние от до прямой . Ищется прямая , минимизирующая сумму

Иллюстрация к знаменитой работе К. Пирсона (1901): даны точки $P_i$ на плоскости, $p_i$ — расстояние от $P_i$ до прямой $AB$ . Ищется прямая $AB$ , минимизирующая сумму $\sum_i p_i^2$

Метод главных компонент начинался с задачи наилучшей аппроксимации конечного множества точек прямыми и плоскостями (К. Пирсон, 1901). Дано конечное множество векторов $x_1,x_2,...x_m \in\mathbb{R}^n$ . Для каждого $k = 0,1,..., n-1$ среди всех $k$ -мерных линейных многообразий в $\mathbb{R}^n$ найти такое $L_k \subset \mathbb{R}^n$ , что сумма квадратов уклонений $x_i$ от $L_k$ минимальна:

$\sum_{i=1}^m \operatorname{dist}^2(x_i, L_k) \to \min$ ,

где $\operatorname{dist}(x_i, L_k)$ — евклидово расстояние от точки до линейного многообразия. Всякое $k$ -мерное линейное многообразие в $\mathbb{R}^n$ может быть задано как множество линейных комбинаций $L_k = \{ a_0 +\beta_1 a_1 +...+ \beta_k a_k | \beta_i \in \mathbb{R} \}$ , где параметры $\beta_i$ пробегают вещественную прямую $\mathbb{R}$ , $a_0 \in \mathbb{R}^n$ а $\left\{a_1,..., a_k \right\} \subset \mathbb{R}^n$ — ортонормированный набор векторов

$\operatorname{dist}^2(x_i, L_k) = \| x_i - a_0 - \sum_{j=1}^k a_j (a_j, x_i - a_0) \| ^2$ ,

где $\|^\ \cdot \ \|^\$ евклидова норма, $\left(a_j, x_i\right)$ — евклидово скалярное произведение, или в координатной форме:

$\operatorname{dist}^2(x_i, L_k) = \sum_{l=1}^n \left(x_{il} - a_{0l}- \sum_{j=1}^k a_{jl} \sum_{q=1}^n a_{jq}(x_{iq} - a_{0q}) \right)^2$ .

Решение задачи аппроксимации для $k = 0,1,..., n-1$ даётся набором вложенных линейных многообразий $L_0 \subset L_1 \subset ... L_{n-1}$ , $L_k = \{ a_0 +\beta_1 a_1 +...+ \beta_k a_k | \beta_i \in \mathbb{R} \}$ . Эти линейные многообразия определяются ортонормированным набором векторов $\left\{a_1,..., a_{n-1} \right\}$ (векторами главных компонент) и вектором $a_0$ . Вектор $a_0$ ищется, как решение задачи минимизации для $L_0$ :

$a_0 = \underset{a_0\in\mathbb{R}^n}{\operatorname{argmin}} \left(\sum_{i=1}^m \operatorname{dist}^2(x_i, L_0)\right),$

то есть

$a_0 = \underset{a_0\in\mathbb{R}^n}{\operatorname{argmin}} \left (\sum_{i=1}^m \| x_i - a_0\| ^2\right)$ .

Это — выборочное среднее: $a_0 = \frac{1}{m} \sum_{i=1}^m x_i = \overline{X}.$ Фреше в 1948 году обратил внимание, что вариационное определение среднего (как точки, минимизирующей сумму квадратов расстояний до точек данных) очень удобно для построения статистики в произвольном метрическом пространстве, и построил обобщение классической статистики для общих пространств (обобщённый метод наименьших квадратов).

Векторы главных компонент могут быть найдены как решения однотипных задач оптимизации:

1) централизуем данные (вычитаем среднее): $x_i:= x_i - \overline{X_i}$ . Теперь $\sum_{i=1}^m x_i =0$ ;

2) находим первую главную компоненту как решение задачи;

$a_1 = \underset{\| a_1 \| =1}{\operatorname{argmin}} \left( \sum_{i=1}^m \| x_i - a_1 (a_1,x_i)\| ^2\right)$ .

Если решение не единственно, то выбираем одно из них.

3) Вычитаем из данных проекцию на первую главную компоненту:

$x_i:= x_i - a_1 \left(a_1,x_i\right)$ ;

4) находим вторую главную компоненту как решение задачи

$a_2 = \underset{\| a_2 \| =1}{\operatorname{argmin}} \left( \sum_{i=1}^m \| x_i - a_2 (a_2,x_i)\| ^2\right)$ .

Если решение не единственно, то выбираем одно из них.

…

2k-1) Вычитаем проекцию на $(k-1)$ -ю главную компоненту (напомним, что проекции на предшествующие $(k-2)$ главные компоненты уже вычтены):

$x_i:= x_i - a_{k-1} \left(a_{k-1},x_i\right)$ ;

2k) находим k-ю главную компоненту как решение задачи:

$a_k = \underset{\| a_k \| =1}{\operatorname{argmin}} \left( \sum_{i=1}^m \| x_i - a_k (a_k,x_i)\| ^2\right)$ .

Если решение не единственно, то выбираем одно из них.

…

На каждом подготовительном шаге $(2k-1)$ вычитаем проекцию на предшествующую главную компоненту. Найденные векторы $\left\{a_1,..., a_{ n -1} \right\}$ ортонормированы просто в результате решения описанной задачи оптимизации, однако чтобы не дать ошибкам вычисления нарушить взаимную ортогональность векторов главных компонент, можно включать $a_k \bot \{a_1,..., a_{k -1} \}$ в условия задачи оптимизации.

Неединственность в определении $a_k$ помимо тривиального произвола в выборе знака ( $a_k$ и $-a_k$ решают ту же задачу) может быть более существенной и происходить, например, из условий симметрии данных.

Поиск ортогональных проекций с наибольшим рассеянием

Первая главная компонента максимизирует выборочную дисперсию проекции данных

Пусть нам дан центрированный набор векторов данных $x_i\in\mathbb{R}^n \; (i=1,...,m)$ (среднее арифметическое значение $x_i$ равно нулю). Задача — найти такое ортогональное преобразование в новую систему координат, для которого были бы верны следующие условия:

Выборочная дисперсия данных вдоль первой координаты максимальна (эту координату называют первой главной компонентой);
Выборочная дисперсия данных вдоль второй координаты максимальна при условии ортогональности первой координате (вторая главная компонента);
…
Выборочная дисперсия данных вдоль значений $k$ -ой координаты максимальна при условии ортогональности первым $k-1$ координатам;
…

Выборочная дисперсия данных вдоль направления, заданного нормированным вектором $a_k$ , это

$S^2_m \left[ (X, a_k) \right ] = \frac{1}{m} \sum\limits_{i=1}^m \left(\sum\limits_{j=1}^n x_{ij}a_{kj} \right)^2$

(поскольку данные центрированы, выборочная дисперсия здесь совпадает со средним квадратом уклонения от нуля).

Формально, если $A=\left \{a_1,...,a_n \right \}^T\in\mathbb{R}^{n \times n}$ , $a_k\in\mathbb{R}^n$ — искомое преобразование, то для векторов $a_k$ должны выполняться следующие условия:

$a_1 = \underset{\| a_1 \| =1}{\operatorname{argmax}}\,S^2_m \left [(X, a_1) \right ];$

Если решение не единственно, то выбираем одно из них.

Вычитаем из данных проекцию на первую главную компоненту:

$x_i:= x_i-a_1 \left(a_1,x_i\right)$ ; в результате $x_i \bot a_1$ ;

находим вторую главную компоненту как решение задачи

$a_2 = \underset{\| a_2 \| =1}{\operatorname{argmax}}\,S^2_m \left [ (X, a_2) \right ];$

Если решение не единственно, то выбираем одно из них.

…
Вычитаем проекцию на $(k-1)$ -ю главную компоненту (напомним, что проекции на предшествующие $k-2$ главные компоненты уже вычтены):

$x_i:= x_i-a_{k-1} \left(a_{k-1},x_i\right)$ ; в результате $x_i \bot a_l, (l = 1,\dots k-1)$ ;

находим $k$ -ю главную компоненту как решение задачи

$a_n = \underset{\| a_k\| = 1}{\operatorname{argmax}}\,S^2_m \left [ (X, a_k) \right ];$

Если решение не единственно, то выбираем одно из них.

Фактически, как и для задачи аппроксимации, на каждом шаге решается задача о первой главной компоненте для данных, из которых вычтены проекции на все ранее найденные главные компоненты. При большом числе итерации (большая размерность, много главных компонент) отклонения от ортогональности накапливаются и может потребоваться специальная коррекция алгоритма или другой алгоритм поиска собственных векторов ковариационной матрицы.

Решение задачи о наилучшей аппроксимации даёт то же множество решений $\left\{a_i\right\}$ , что и поиск ортогональных проекций с наибольшим рассеянием, по очень простой причине: $\| x_i-a_k (a_k, x_i)\|^2 \stackrel{\|a_k\|=1}{=} \| x_i\|^2-(a_k, x_i)^2,$ и первое слагаемое не зависит от $a_k$ . Только одно дополнение к задаче об аппроксимации: появляется последняя главная компонента $a_n.$

Поиск ортогональных проекций с наибольшим среднеквадратичным расстоянием между точками

Ещё одна эквивалентная формулировка следует из очевидного тождества, верного для любых $m$ векторов $x_i$ :

$\frac{1}{m(m-1)}\sum_{i,j=1}^m (x_i-x_j)^2 =\frac{2m^2}{m(m-1)}\left[\frac{1}{m}\sum_{i=1}^m x_i^2 - \left(\frac{1}{m}\sum_{i}^m x_i \right)^2\right].$

В левой части этого тождества стоит среднеквадратичное расстояние между точками, а в квадратных скобках справа — выборочная дисперсия. Таким образом, в методе главных компонент ищутся подпространства, в проекции на которые среднеквадратичное расстояние между точками максимально (или, что то же самое, его искажение в результате проекции минимально)^[1]. Такая переформулировка позволяет строить обобщения с взвешиванием различных парных расстояний (а не только точек).

Аннулирование корреляций между координатами

Для заданной $n$ -мерной случайной величины $X$ найти такой ортонормированный базис, $\left\{a_1,..., a_n \right\}$ , в котором коэффициент ковариации между различными координатами равен нулю. После преобразования к этому базису

$\operatorname{cov}(X_i,X_j)=0$ для $i \neq j$ .

Здесь $\operatorname{cov}(X_i,X_j)= \operatorname{E}[(X_i-\overline{X_i})(X_j-\overline{X_j})]$ — коэффициент ковариации.

Диагонализация ковариационной матрицы

Все задачи о главных компонентах приводят к задаче диагонализации ковариационной матрицы или выборочной ковариационной матрицы. Эмпирическая или выборочная ковариационная матрица, это

$C = [c_{ij}],\ c_{ij} = \frac{1}{m-1} \sum_{l=1}^m (x_{li}-\overline{X_{i}})(x_{lj}-\overline{X_{j}}).$

Ковариационная матрица многомерной случайной величины $X$ , это

$\Sigma = [\sigma_{ij}],\ \sigma_{ij} = \operatorname{cov}(X_i,X_j)=E[(X_i-\overline{X_i})(X_j-\overline{X_j})].$

Векторы главных компонент для задач о наилучшей аппроксимации и о поиске ортогональных проекций с наибольшим рассеянием — это ортонормированный набор $\left\{a_1,..., a_n \right\}$ собственных векторов эмпирической ковариационной матрицы $C$ , расположенных в порядке убывания собственных значений $\lambda: \lambda_1 \ge \lambda_2 \ge ... \ge \lambda_n \ge 0.$ Эти векторы служат оценкой для собственных векторов ковариационной матрицы $\operatorname{cov}(X_i,X_j)$ . В базисе из собственных векторов ковариационной матрицы она, естественно, диагональна, и в этом базисе коэффициент ковариации между различными координатами равен нулю.

Если спектр ковариационной матрицы вырожден, то выбирают произвольный ортонормированный базис собственных векторов. Он существует всегда, а собственные числа ковариационной матрицы всегда вещественны и неотрицательны.

Сингулярное разложение матрицы данных

Основная статья: Простой итерационный алгоритм сингулярного разложения

Математическое содержание метода главных компонент — это спектральное разложение ковариационной матрицы $C$ , то есть представление пространства данных в виде суммы взаимно ортогональных собственных подпространств $C$ , а самой матрицы $C$ — в виде линейной комбинации ортогональных проекторов на эти подпространства с коэффициентами $\lambda_i$ . Если $\operatorname{X}=\left\{x_1,..., x_m \right\}^T$ — матрица, составленная из векторов-строк центрированных данных, то $C = \frac{1}{m-1}\operatorname{X}^T\operatorname{X}$ и задача о спектральном разложении ковариационной матрицы $C$ превращается в задачу о сингулярном разложении (англ. Singular value decomposition) матрицы данных $\operatorname{X}$ .

Хотя формально задачи сингулярного разложения матрицы данных и спектрального разложения ковариационной матрицы совпадают, алгоритмы вычисления сингулярного разложения напрямую, без вычисления ковариационной матрицы и её спектра, более эффективны и устойчивы ^[1].

Теория сингулярного разложения была создана Дж. Дж. Сильвестром (англ. J. J. Sylvester) в 1889 г. и изложена во всех подробных руководствах по теории матриц ^[1].

Матрица преобразования к главным компонентам

Матрица $A$ преобразования данных к главным компонентам строится из векторов главных компонент: $A=\left \{a_1,...,a_n \right \}^T$ . Здесь $a_i$ — ортонормированные векторы-столбцы главных компонент, расположенные в порядке убывания собственных значений, верхний индекс $T$ означает транспонирование. Матрица $A$ является ортогональной: $A A^T=1$ .

После преобразования большая часть вариации данных будет сосредоточена в первых координатах, что даёт возможность отбросить оставшиеся и рассмотреть пространство уменьшенной размерности.

Остаточная дисперсия

Пусть данные центрированы, $\overline{ X}=0$ . При замене векторов данных $x_i$ на их проекцию на первые $k$ главных компонент $x_i \mapsto \sum_{j=1}^k a_j (a_j, x_i)$ вносится средний квадрат ошибки в расчете на один вектор данных:

$\frac{1}{m} \sum_{i=1}^m \left\| x_i - \sum_{j=1}^k a_j (a_j, x_i) \right \| ^2=\sum_{l=k+1}^n \lambda_l,$

где $\lambda_1 \ge \lambda_2 \ge ... \ge \lambda_n \ge 0$ собственные значения эмпирической ковариационной матрицы $C$ , расположенные в порядке убывания, с учетом кратности.

Эта величина называется остаточной дисперсией. Величина

$\frac{1}{m} \sum_{i=1}^m \left\| \sum_{j=1}^k a_j (a_j, x_i) \right\| ^2=\frac{1}{m} \sum_{i=1}^m \sum_{j=1}^k (a_j, x_i)^2=\sum_{l=1}^k \lambda_l$

называется объяснённой дисперсией. Их сумма равна выборочной дисперсии. Соответствующий квадрат относительной ошибки — это отношение остаточной дисперсии к выборочной дисперсии (то есть доля необъяснённой дисперсии):

$\delta^2_k=\frac{\lambda_{k+1}+\lambda_{k+2}+...+\lambda_{n}}{\lambda_{1}+\lambda_{2}+...+\lambda_{n}}.$

По относительной ошибке $\delta_k$ оценивается применимость метода главных компонент с проецированием на первые $k$ компонент.

Замечание: в большинстве вычислительных алгоритмов собственные числа $\lambda_i$ с соответствуюшими собственными векторами — главными компонентами $a_i$ вычисляются в порядке «от больших $\lambda_i$ — к меньшим». Для вычисления $\delta_k$ достаточно вычислить первые $k$ собственных чисел и след эмпирической ковариационной матрицы $C$ , $\operatorname{tr} C$ (сумму диагональных элементов $C$ , то есть дисперсий по осям). Тогда

$\delta^2_k=\frac{1}{\operatorname{tr} C}\left(\operatorname{tr} C -\sum_{i=1}^k \lambda_{i}\right).$

Оценка числа главных компонент по правилу сломанной трости

Пример: оценка числа главных компонент по правилу сломанной трости в размерности 5.

Целевой подход к оценке числа главных компонент по необходимой доле объяснённой дисперсии формально применим всегда, однако неявно он предполагает, что нет разделения на "сигнал" и "шум", и любая заранее заданная точность имеет смысл. Поэтому часто более продуктивна иная эвристика, основывающаяся на гипотезе о наличии "сигнала" (сравнительно малая размерность, относительно большая амплитуда) и "шума" (большая размерность, относительно малая амплитуда). С этой точки зрения метод главных компонент работает как фильтр: сигнал содержится, в основном, в проекции на первые главные компоненты, а в остальных компонентах пропорция шума намного выше.

Вопрос, как оценить число необходимых главных компонент, если отношение "сигнал/шум" заранее неизвестно? Одним из наиболее популярных эвристических подходов является правило сломанной трости (англ. Broken stick model)^[1]. Набор нормированных собственных чисел ( $\lambda_i / \tr C$ , $i=1,...,n$ ) сравнивается с распределением длин обломков трости единичной длины, сломанной в $n-1$ -й случайно выбранной точке (точки разлома выбираются независимо и равнораспределены по длине трости). Пусть $L_i$ ( $i=1,...,n$ ) - длины полученных кусков трости, занумерованные в порядке убывания длины: $L_1 \geq L_2 \geq \ldots \geq L_n$ . Нетрудно найти математическое ожидание $L_i$ :

$l_i=\operatorname{E}(L_i)=\frac{1}{n}\sum_{j=i}^{n} \frac{1}{j}.$

По правилу сломанной трости $k$ -й собственный вектор (в порядке убывания собственных чисел $\lambda_i$ ) сохраняется в списке главных компонент, если

$\frac{\lambda_1}{\tr C}>l_1 \& \frac{\lambda_2}{\tr C}>l_2 \& \ldots \& \frac{\lambda_k}{\tr C}>l_k.$

На Рис. приведён пример для 5-мерного случая:

$l_1$ =(1+1/2+1/3+1/4+1/5)/5; $l_2$ =(1/2+1/3+1/4+1/5)/5; $l_3$ =(1/3+1/4+1/5)/5; $l_4$ =(1/4+1/5)/5; $l_5$ =(1/5)/5.

Для примера выбрано

$\frac{\lambda_1}{\tr C}$ =0.5; $\frac{\lambda_2}{\tr C}$ =0.3; $\frac{\lambda_3}{\tr C}$ =0.1; $\frac{\lambda_4}{\tr C}$ =0.06; $\frac{\lambda_5}{\tr C}$ =0.04.

По правилу сломанной трости в этом примере следует оставлять 2 главных компоненты:

$\frac{\lambda_1}{\tr C}>l_1 \;; \; \frac{\lambda_2}{\tr C}>l_2 \;; \;\frac{\lambda_3}{\tr C}<l_3\;.$

Нормировка

Нормировка после приведения к главным компонентам

После проецирования на первые $k$ главных компонент с $\lambda_1 \ge \lambda_2 \ge ... \ge \lambda_k > 0$ удобно произвести нормировку на единичную (выборочную) дисперсию по осям. Дисперсия вдоль $i$ й главной компоненты равна $\lambda_i > 0 \; (1 \le i \le k$ ), поэтому для нормировки надо разделить соответствующую координату на $\sqrt{ \lambda_i}$ . Это преобразование не является ортогональным и не сохраняет скалярного произведения. Ковариационная матрица проекции данных после нормировки становится единичной, проекции на любые два ортогональных направления становятся независимыми величинами, а любой ортонормированный базис становится базисом главных компонент (напомним, что нормировка меняет отношение ортогональности векторов). Отображение из пространства исходных данных на первые $k$ главных компонент вместе с нормировкой задается матрицей

$K=\left \{\frac{a_1}{\sqrt{ \lambda_1}},\frac{a_2}{\sqrt{ \lambda_2}},...,\frac{a_k}{\sqrt{ \lambda_k}} \right \}^T$ .

Именно это преобразование чаще всего называется преобразованием Кархунена-Лоэва. Здесь $a_i$ — векторы-столбцы, а верхний индекс $T$ означает транспонирование.

Нормировка до вычисления главных компонент

Предупреждение: не следует путать нормировку, проводимую после преобразования к главным компонентам, с нормировкой и «обезразмериванием» при предобработке данных, проводимой до вычисления главных компонент. Предварительная нормировка нужна для обоснованного выбора метрики, в которой будет вычисляться наилучшая аппроксимация денных, или будут искаться направления наибольшего разброса (что эквивалентно). Например, если данные представляют собой трёхмерные векторы из «метров, литров и килограмм», то при использовании стандартного евклидового расстояния разница в 1 метр по первой координате будет вносить тот же вклад, что разница в 1 литр по второй, или в 1 кг по третьей. Обычно системы единиц, в которых представлены исходные данные, недостаточно точно отображают наши представления о естественных масштабах по осям, и проводится «обезразмеривание»: каждая координата делится на некоторый масштаб, определяемый данными, целями их обработки и процессами измерения и сбора данных.

Есть три cущественно различных стандартных подхода к такой нормировке: на единичную дисперсию по осям (масштабы по осям равны средним квадратичным уклонениям — после этого преобразования ковариационная матрица совпадает с матрицей коэффициентов корреляции), на равную точность измерения (масштаб по оси пропорционален точности измерения данной величины) и на равные требования в задаче (масштаб по оси определяется требуемой точностью прогноза данной величины или допустимым её искажением — уровнем толерантности). На выбор предобработки влияют содержательная постановка задачи, а также условия сбора данных (например, если коллекция данных принципиально не завершена и данные будут ещё поступать, то нерационально выбирать нормировку строго на единичную дисперсию, даже если это соответствует смыслу задачи, поскольку это предполагает перенормировку всех данных после получения новой порции; разумнее выбрать некоторый масштаб, грубо оценивающий стандартное отклонение, и далее его не менять).

Предварительная нормировка на единичную дисперсию по осям разрушается поворотом системы координат, если оси не являются главными компонентами, и нормировка при предобработке данных не заменяет нормировку после приведения к главным компонентам.

Механическая аналогия и метод главных компонент для взвешенных данных

Если сопоставить каждому вектору данных единичную массу, то эмпирическая ковариационная матрица $C$ совпадёт с тензором инерции этой системы точечных масс (делённым на полную массу $m$ ), а задача о главных компонентых — с задачей приведения тензора инерции к главным осям. Можно использовать дополнительную свободу в выборе значений масс для учета важности точек данных или надежности их значений (важным данным или данным из более надежных источников приписываются бо́льшие массы). Если вектору данных $x_l$ придаётся масса $w_l$ , то вместо эмпирической ковариационной матрицы $C$ получим

$C^w = [c^w_{ij}],\ c^w_{ij} = \frac{1}{\sum_{l} w_l} \sum_{l=1}^m w_l(x_{li}-\overline{X_{i}})(x_{lj}-\overline{X_{j}}).$

Все дальнейшие операции по приведению к главным компонентам производятся так же, как и в основной версии метода: ищем ортонормированный собственный базис $C^w$ , упорядочиваем его по убыванию собственных значений, оцениваем средневзвешенную ошибку аппроксимации данных первыми $k$ компонентами (по суммам собственных чисел $C^w$ ), нормируем и т. п.

Более общий способ взвешивания даёт максимизация взвешенной суммы попарных расстояний^[1] между проекциями. Для каждых двух точек данных, $x_l , \ x_q$ вводится вес $d_{lq}$ ; $d_{lq}=d_{ql}$ и $d_{l}=\sum_{q=1}^m d_{lq}$ . Вместо эмпирической ковариационной матрицы $C$ используется

$C^d = [c^d_{ij}],\ c^d_{ij} =\sum_{l=1}^m d_l (x_{li}-\overline{X_{i}})(x_{lj}-\overline{X_{j}}) -\sum_{l \neq q, \ l,q=1}^m d_{lq}(x_{li} - \overline{X_{i}})(x_{qj}- \overline{X_{j}}).$

При $d_{lq}>0$ симметричная матрица $C^d$ положительно определена, поскольку положительна квадратичная форма:

$\sum_{ij} c^d_{ij}a_i a_j = \frac{1}{2}\sum_{lq}d_{lq}\left(\sum_ia_i(x_{li}-x_{qi})\right)^2.$

Далее ищем ортонормированный собственный базис $C^d$ , упорядочиваем его по убыванию собственных значений, оцениваем средневзвешенную ошибку аппроксимации данных первыми $k$ компонентами и т. д. — в точности так же, как и в основном алгоритме.

Этот способ применяется при наличии классов: для $x_l , \ x_q$ из разных классов вес $d_{lq}$ вес выбирается бо́льшим, чем для точек одного класса. В результате, в проекции на взвешенные главные компоненты различные классы «раздвигаются» на большее расстояние.

Другое применение — снижение влияния больших уклонений (оутлайеров, англ.Outlier), которые могут искажать картину из-за использования среднеквадратичного расстояния: если выбрать $d_{lq}=1/ \| x_l -x_q \|$ , то влияние больших уклонений будет уменьшено. Таким образом, описанная модификация метода главных компонент является более робастной, чем классическая.

Устойчивость главных компонент

Анализ соответствий

Анализ соответствий (англ. Correspondence analysis)...

Специальная терминология

В статистике при использовании метода главных компонент используют несколько специальных терминов.

Матрица данных $\mathbf{X}=\{x_1,... x_m\}^T$ ; каждая строка — вектор предобработанных данных (центрированных и правильно нормированных), число строк — $m$ (количество векторов данных), число столбцов — $n$ (размерность пространства данных);

Матрица нагрузок (Loadings) $\mathbf{P}=\{a_1,... a_k\}$ ; каждый столбец — вектор главных компонент, число строк — $n$ (размерность пространства данных), число столбцов — $k$ (количество векторов главных компонент, выбранных для проецирования);

Матрица счетов (Scores) $\mathbf{T}=[t_{ij}]; \; t_{ij}=(x_i,a_j)$ ; каждая строка — проекция вектора данных на $k$ главных компонент; число строк — $m$ (количество векторов данных), число столбцов — $k$ (количество векторов главных компонент, выбранных для проецирования);

Матрица Z-счетов (Z-scores) $\mathbf{Z}=[z_{ij}]; \; z_{ij}=\frac{(x_i,a_j)}{\sqrt{ \lambda_j}}$ ; каждая строка — проекция вектора данных на $k$ главных компонент, нормированная на единичную выборочную дисперсию; число строк — $m$ (количество векторов данных), число столбцов — $k$ (количество векторов главных компонент, выбранных для проецирования);

Матрица ошибок (или остатков) (Errors or residuals) $\mathbf{E}=\mathbf{X}-\mathbf{T}\mathbf{P}^T$ .

Основная формула: $\mathbf{X}=\mathbf{T}\mathbf{P}^T+\mathbf{E}.$

Пределы применимости и ограничения эффективности метода

Построение ветвящихся главных компонент методом топологических грамматик. Крестики — точки данных, красное дерево с желтыми узлами — аппроксимирующий дендрит^[1].

Метод главных компонент применим всегда. Распространённое утверждение о том, что он применим только к нормально распределённым данным (или для распределений, близких к нормальным) неверно: в исходной формулировке К. Пирсона ставится задача об аппроксимации конечного множества данных и отсутствует даже гипотеза о их статистическом порождении, не говоря уж о распределении.

Однако метод не всегда эффективно снижает размерность при заданных ограничениях на точность $\delta_k$ . Прямые и плоскости не всегда обеспечивают хорошую аппроксимацию. Например, данные могут с хорошей точностью следовать какой-нибудь кривой, а эта кривая может быть сложно расположена в пространстве данных. В этом случае метод главных компонент для приемлемой точности потребует нескольких компонент (вместо одной), или вообще не даст снижения размерности при приемлемой точности. Для работы с такими «кривыми» главными компонентами изобретен метод главных многообразий^[1] и различные версии нелинейного метода главных компонент^[1]^[1]. Больше неприятностей могут доставить данные сложной топологии. Для их аппроксимации также изобретены различные методы, например самоорганизующиеся карты Кохонена, нейронный газ^[1] или топологические грамматики^[1]. Если данные статистически порождены с распределением, сильно отличающимся от нормального, то для аппроксимации распределения полезно перейти от главных компонент к независимым компонентам^[1], которые уже не ортогональны в исходном скалярном произведении. Наконец, для изотропного распределения (даже нормального) вместо эллипсоида рассеяния получаем шар, и уменьшить размерность методами аппроксимации невозможно.

Примеры использования

Основная статья: Применение метода главных компонент

Метод главных компонент — наиболее популярный метод сокращения размерности во многих приложениях, в том числе в следующих областях:

Визуализация данных;
Компрессия изображений и видео;
Подавление шума на изображениях;
Индексация видео;
Биоинформатика;
Хемометрика;
Психодиагностика;
Общественные науки (включая политологию);
Сокращение размерности динамических моделей (в том числе — в вычислительной гидродинамике).

Литература

Классические работы

Pearson K., On lines and planes of closest fit to systems of points in space, Philosophical Magazine, (1901) 2, 559—572; а также на сайте PCA.
Sylvester J.J., On the reduction of a bilinear quantic of the nth order to the form of a sum of n products by a double orthogonal substitution, Messenger of Mathematics, 19 (1889), 42—46; а также на сайте PCA.
Frećhet M. Les élements aléatoires de nature quelconque dans un espace distancié. Ann. Inst. H. Poincaré, 10 (1948), 215—310.

Основные руководства (стандарт де-факто)

Айвазян С. А., Бухштабер В. М., Енюков И. С., Мешалкин Л. Д. Прикладная статистика. Классификация и снижение размерности.— М.: Финансы и статистика, 1989.— 607 с.
Рао С. Р., Линейные статистические методы и их применения.— М.: Наука (Физматлит), 1968.— 548 с.
Jolliffe I.T. Principal Component Analysis, Series: Springer Series in Statistics, 2nd ed., Springer, NY, 2002, XXIX, 487 p. 28 illus. ISBN 978-0-387-95442-4

Сборник современных обзоров

Gorban A. N., Kegl B., Wunsch D., Zinovyev A. Y. (Eds.), Principal Manifolds for Data Visualisation and Dimension Reduction, Series: Lecture Notes in Computational Science and Engineering 58, Springer, Berlin — Heidelberg — New York, 2008, XXIV, 340 p. 82 illus. ISBN 978-3-540-73749-0 (а также онлайн).

Ссылки

A tutorial on Principal Components Analysis, Jonathon Shlens, 22, 2009; Version 3.01.
Нелинейный метод главных компонент (сайт-библиотека)
Метод главных компонент на wikipedia.org

Учебное програмное обеспечение

Java-апплет «Метод главных компонент и самоорганизующиеся карты» (E.M. Mirkes, Principal Component Analysis and Self-Organizing Maps: applet. University of Leicester, 2011). Свободно распространяемая программа с моделями метода главных компонент, самоорганизуюшихся карт (SOM) и растущих самоорганизующихся карт (Growing Self-Organized Maps, GSOM). Дано описание алгоритмов (англ.), приведены тьюториалы и некоторые публикации. Используется для выполнения небольших студенческих исследовательских работ по сравнению различных алгоритмов аппроксимации данных.

Примечания

Незарегистрированные пользователи не видят примечаний и основных литературных ссылок (дефект системы). Зарегистрироваться безопасно и просто.

Источник — «http://machinelearning.ru/wiki/index.php?title=%D0%9C%D0%B5%D1%82%D0%BE%D0%B4_%D0%B3%D0%BB%D0%B0%D0%B2%D0%BD%D1%8B%D1%85_%D0%BA%D0%BE%D0%BC%D0%BF%D0%BE%D0%BD%D0%B5%D0%BD%D1%82»

@@ Строка 1: / Строка 1: @@
-'''Метод Главных Компонент''' (англ. Principal Components Analysis, PCA) — один из основных способов уменьшить [[размерность]] данных, потеряв наименьшее количество [[информация|информации]]. Изобретен К. Пирсоном (англ.[http://en.wikipedia.org/wiki/Karl_Pearson Karl Pearson]) в 1901 г. Применяется во многих областях, таких как [[распознавание образов]], [[компьютерное зрение]], [[сжатие данных]] и т. п. Вычисление главных компонент сводится к вычислению [[Собственные векторы, значения и пространства|собственных векторов]] и [[Собственные векторы, значения и пространства|собственных значений]] [[Ковариационная матрица| ковариационной матрицы]] исходных данных. Иногда метод главных компонент называют ''преобразованием Кархунена-Лоэва'' (англ. Karhunen-Loeve)<ref>В русскоязычной научной литературе распространено также написание ''преобразование Карунена-Лоэва'', соответствующее английскому прочтению финской фамилии</ref> или преобразованием Хотеллинга (англ. Hotelling transform). Другие способы уменьшения размерности данных — это [[метод независимых компонент]], многомерное шкалирование, а также многочисленные нелинейные обобщения: метод главных кривых и многообразий, [[Поиск наилучшей проекции|поиск наилучшей проекции]] (англ. Projection Pursuit), [[Искусственная нейронная сеть|нейросетевые]] методы «[[Нейросетевое сжатие данных|узкого горла]]», [[Самоорганизующаяся карта Кохонена|самоорганизующиеся карты Кохонена]] и др.
+'''Метод Главных Компонент''' (англ. Principal Components Analysis, PCA) — один из основных способов уменьшить [[размерность]] данных, потеряв наименьшее количество [[информация|информации]]. Изобретен К. Пирсоном (англ.[http://en.wikipedia.org/wiki/Karl_Pearson Karl Pearson]) в 1901 г. Применяется во многих областях, таких как [[распознавание образов]], [[компьютерное зрение]], [[сжатие данных]] и т. п. Вычисление главных компонент сводится к вычислению собственных векторов и собственных значений [[Ковариационная матрица| ковариационной матрицы]] исходных данных или к [[Сингулярное разложение|сингулярному разложению]] матрицы данных. Иногда метод главных компонент называют ''преобразованием Кархунена-Лоэва'' (англ. Karhunen-Loeve)<ref>В русскоязычной научной литературе распространено также написание ''преобразование Карунена-Лоэва'', соответствующее английскому прочтению финской фамилии</ref> или преобразованием Хотеллинга (англ. Hotelling transform). Другие способы уменьшения размерности данных — это [[метод независимых компонент]], многомерное шкалирование, а также многочисленные нелинейные обобщения: метод главных кривых и многообразий, [[Поиск наилучшей проекции|поиск наилучшей проекции]] (англ. Projection Pursuit), [[Искусственная нейронная сеть|нейросетевые]] методы «[[Нейросетевое сжатие данных|узкого горла]]», [[Нейронная сеть Кохонена|самоорганизующиеся карты Кохонена]] и др.
 == Формальная постановка задачи ==
-Задача анализа главных компонент, имеет, как минимум, три базовых версии:
+Задача анализа главных компонент, имеет, как минимум, четыре базовых версии:
-* аппроксимировать данные [[Линейное многообразие|линейными многообразиями]] меньшей размерности;
+* аппроксимировать данные линейными многообразиями меньшей размерности;
-* найти подпространства меньшей размерности, в ортогональной проекции на которые разброс данных максимален;
+* найти подпространства меньшей размерности, в ортогональной проекции на которые разброс данных (т.е. среднеквадратичное уклонение от среднего значения) максимален;
-* для данной многомерной случайной величины построить такое ортогональное преобразования координат, что в результате корреляции между отдельными координатами обратятся в ноль.
+* найти подпространства меньшей размерности, в ортогональной проекции на которые среднеквадратичное расстояние между точками максимально;
+* для данной многомерной случайной величины построить такое ортогональное преобразование координат, что в результате корреляции между отдельными координатами обратятся в ноль.
-Первые две версии оперируют конечными множествами данных. Они эквивалентны и не используют никакой гипотезы о статистическом порождении данных. Третья версия оперирует случайными величинами. Конечные множества появляются здесь как выборки из данного распределения, а решение двух первых задач — как приближение к «истинному» преобразованию Кархунена-Лоэва. При этом возникает дополнительный и не вполне тривиальный вопрос о точности этого приближения.
+Первые три версии оперируют конечными множествами данных. Они эквивалентны и не используют никакой гипотезы о статистическом порождении данных. Четвёртая версия оперирует случайными величинами. Конечные множества появляются здесь как выборки из данного распределения, а решение трёх первых задач — как приближение к «истинному» преобразованию Кархунена-Лоэва. При этом возникает дополнительный и не вполне тривиальный вопрос о точности этого приближения.
 === Аппроксимация данных линейными многообразиями ===
@@ Строка 20: / Строка 21: @@
 где <tex>\operatorname{dist}(x_i, L_k) </tex> — евклидово расстояние от точки до линейного многообразия. Всякое <tex>k </tex>-мерное линейное многообразие в <tex>\mathbb{R}^n  </tex> может быть задано как множество линейных комбинаций <tex>L_k = \{ a_0 +\beta_1 a_1 +...+ \beta_k a_k | \beta_i \in \mathbb{R} \} </tex>, где параметры <tex> \beta_i </tex> пробегают вещественную прямую <tex>\mathbb{R}</tex>, <tex>a_0 \in \mathbb{R}^n</tex> а <tex>\left\{a_1,..., a_k \right\} \subset \mathbb{R}^n</tex> — ортонормированный набор векторов
 : <tex>\operatorname{dist}^2(x_i, L_k) = \| x_i - a_0 - \sum_{j=1}^k a_j (a_j, x_i - a_0) \| ^2</tex>,
-где <tex>\| \cdot \|  </tex> евклидова норма, <tex> \left(a_j, x_i\right) </tex> — евклидово скалярное произведение, или в координатной форме:
+где <tex>\|^\ \cdot \ \|^\  </tex> евклидова норма, <tex> \left(a_j, x_i\right) </tex> — евклидово скалярное произведение, или в координатной форме:
 : <tex> \operatorname{dist}^2(x_i, L_k) = \sum_{l=1}^n \left(x_{il} - a_{0l}- \sum_{j=1}^k a_{jl} \sum_{q=1}^n a_{jq}(x_{iq} - a_{0q}) \right)^2 </tex>.
@@ Строка 61: / Строка 62: @@
-Пусть нам дан центрированный набор векторов данных <tex>x_i\in\mathbb{R}^n \; (i=1,...,m)</tex> ([[среднее арифметическое]] значение <tex> x_i </tex> равно нулю). Задача — найти такое [[ортогональное преобразование]] в новую [[Прямоугольная система координат|систему координат]], для которого были бы верны следующие условия:
+Пусть нам дан центрированный набор векторов данных <tex>x_i\in\mathbb{R}^n \; (i=1,...,m)</tex> (среднее арифметическое значение <tex> x_i </tex> равно нулю). Задача — найти такое ортогональное преобразование в новую систему координат, для которого были бы верны следующие условия:
 * [[Выборочная дисперсия]] данных вдоль первой координаты максимальна (эту координату называют первой ''главной компонентой'');
 * Выборочная дисперсия данных вдоль второй координаты максимальна при условии ортогональности первой координате (вторая главная компонента);
@@ Строка 68: / Строка 69: @@
 * …
-[[Выборочная дисперсия]] данных вдоль направления, заданного нормированным вектором <tex> a_k</tex>, это
+Выборочная дисперсия данных вдоль направления, заданного нормированным вектором <tex> a_k</tex>, это
-: <tex>S^2_m \left[ (X, a_k) \right ] = \frac{1}{m} \sum\limits_{i=1}^m \left(\sum\limits_{j=1}^n x_{ij}a_{kj} \right)^2 </tex>
+: <tex>S^2_m \left[ (X, a_k) \right ] = \frac{1}{m} \sum\limits_{i=1}^m \left(\sum\limits_{j=1}^n x_{ij}a_{kj} \right)^2</tex>
 (поскольку данные центрированы, выборочная дисперсия здесь совпадает со средним квадратом уклонения от нуля).
-Формально, если <tex>A=\left \{a_1,...,a_n \right \}^T\in\mathbb{R}^{n \times n}</tex>, <tex>a_k\in\mathbb{R}^n</tex> — искомое преобразование, то для векторов <tex>a_k</tex> должны выполняться следующие условия:
+Формально, если <tex>A=\left \{a_1,...,a_n \right \}^T\in\mathbb{R}^{n \times n}</tex>, <tex>a_k\in\mathbb{R}^n</tex> — искомое преобразование, то для векторов <tex>a_k</tex> должны выполняться следующие условия:
 * <tex>a_1 = \underset{\| a_1 \| =1}{\operatorname{argmax}}\,S^2_m \left [(X, a_1) \right ];</tex>
 : Если решение не единственно, то выбираем одно из них.
 * Вычитаем из данных проекцию на первую главную компоненту:
-: <tex>x_i:= x_i - a_1 \left(a_1,x_i\right) </tex>; в результате <tex>x_i \bot a_1</tex>;
+: <tex>x_i:= x_i-a_1 \left(a_1,x_i\right) </tex>; в результате <tex>x_i \bot a_1</tex>;
 * находим вторую главную компоненту как решение задачи
 : <tex>a_2 = \underset{\| a_2 \| =1}{\operatorname{argmax}}\,S^2_m \left [ (X, a_2) \right ];</tex>
@@ Строка 82: / Строка 83: @@
 * …
 * Вычитаем проекцию на <tex>(k-1)</tex>-ю главную компоненту (напомним, что проекции на предшествующие <tex>k-2</tex> главные компоненты уже вычтены):
-: <tex>x_i:= x_i - a_{k-1} \left(a_{k-1},x_i\right) </tex>; в результате <tex>x_i \bot a_l, (l = 1, \dots, k-1)</tex>;
+: <tex>x_i:= x_i-a_{k-1} \left(a_{k-1},x_i\right) </tex>; в результате <tex>x_i \bot a_l, (l = 1,\dots  k-1)</tex>;
 * находим <tex>k</tex>-ю главную компоненту как решение задачи
 : <tex>a_n = \underset{\| a_k\| = 1}{\operatorname{argmax}}\,S^2_m \left [ (X, a_k) \right ];</tex>
 : Если решение не единственно, то выбираем одно из них.
-* …
+* ...
-Фактически, как и для задачи аппроксимации, на каждом шаге решается задача о первой главной компоненте для данных, из которых вычтены проекции на все ранее найденные главные компоненты. При большом числе итерации (большая размерность, много главных компонент) отклонения от ортогональности накапливаются и может потребоваться специальная коррекция алгоритма или другой алгоритм поиска собственных векторов ковариационной матрицы.
+Фактически, как и для задачи аппроксимации, на каждом шаге решается задача о первой главной компоненте для данных, из которых вычтены проекции на все ранее найденные главные компоненты. При большом числе итерации (большая размерность, много главных компонент) отклонения от ортогональности накапливаются и может потребоваться специальная коррекция [[алгоритм]]а или другой алгоритм поиска собственных векторов ковариационной матрицы.
-Решение задачи о наилучшей аппроксимации даёт то же множество решений <tex>\left\{a_i\right\}</tex>, что и поиск ортогональных проекций с наибольшим рассеянием, по очень простой причине: <tex>\| x_i - a_k (a_k,x_i)\| ^2 = \| x_i\| ^2 - (a_k,x_i)^2, </tex> и первое слагаемое не зависит от <tex> a_k</tex>. Только одно дополнение к задаче об аппроксимации: появляется последняя главная компонента <tex> a_n.</tex>
+Решение задачи о наилучшей аппроксимации даёт то же множество решений <tex>\left\{a_i\right\}</tex>, что и поиск ортогональных проекций с наибольшим рассеянием, по очень простой причине: <tex>\| x_i-a_k (a_k, x_i)\|^2 \stackrel{\|a_k\|=1}{=} \| x_i\|^2-(a_k, x_i)^2, </tex> и первое слагаемое не зависит от <tex> a_k</tex>. Только одно дополнение к задаче об аппроксимации: появляется последняя главная компонента <tex> a_n.</tex>
 === Поиск ортогональных проекций с наибольшим среднеквадратичным расстоянием между точками ===
@@ Строка 109: / Строка 110: @@
 Все задачи о главных компонентах приводят к задаче диагонализации ковариационной матрицы или выборочной ковариационной матрицы. Эмпирическая или выборочная ковариационная матрица, это
-: <tex>C = [c_{ij}],\ c_{ij} = \frac{1}{m} \sum_{l=1}^m (x_{li}-\overline{X_{i}})(x_{lj}-\overline{X_{j}}).</tex>
+: <tex>C = [c_{ij}],\ c_{ij} = \frac{1}{m-1} \sum_{l=1}^m (x_{li}-\overline{X_{i}})(x_{lj}-\overline{X_{j}}).</tex>
 [[Ковариационная матрица]] многомерной случайной величины <tex> X</tex>, это
 : <tex>\Sigma = [\sigma_{ij}],\ \sigma_{ij} = \operatorname{cov}(X_i,X_j)=E[(X_i-\overline{X_i})(X_j-\overline{X_j})].</tex>
@@ Строка 120: / Строка 121: @@
 {{main|Простой итерационный алгоритм сингулярного разложения}}
-Математическое содержание метода главных компонент — это ''спектральное разложение'' ковариационной матрицы <tex> C </tex>, то есть представление пространства данных в виде суммы взаимно ортогональных собственных подпространств <tex> C </tex>, а самой матрицы <tex> C </tex> — в виде линейной комбинации ортогональных проекторов на эти подпространства с коэффициентами <tex> \lambda_i </tex>. Если <tex>\operatorname{X}=\left\{x_1,..., x_m \right\}^T</tex> — матрица, составленная из векторов-строк центрированных данных, то <tex> C = \operatorname{X}^T\operatorname{X}</tex> и задача о спектральном разложении ковариационной матрицы <tex> C </tex> превращается в задачу о ''сингулярном разложении'' (англ. [http://en.wikipedia.org/wiki/Singular_value_decomposition Singular value decomposition]) матрицы данных <tex>\operatorname{X}</tex>.
+Математическое содержание метода главных компонент — это ''спектральное разложение'' ковариационной матрицы <tex> C </tex>, то есть представление пространства данных в виде суммы взаимно ортогональных собственных подпространств <tex> C </tex>, а самой матрицы <tex> C </tex> — в виде линейной комбинации ортогональных проекторов на эти подпространства с коэффициентами <tex> \lambda_i </tex>. Если <tex>\operatorname{X}=\left\{x_1,..., x_m \right\}^T</tex> — матрица, составленная из векторов-строк центрированных данных, то <tex> C = \frac{1}{m-1}\operatorname{X}^T\operatorname{X}</tex> и задача о спектральном разложении ковариационной матрицы <tex> C </tex> превращается в задачу о ''сингулярном разложении'' (англ. [http://en.wikipedia.org/wiki/Singular_value_decomposition Singular value decomposition]) матрицы данных <tex>\operatorname{X}</tex>.
-Хотя формально задачи сингулярного разложения матрицы данных и спектрального разложения ковариационной матрицы совпадают, алгоритмы вычисления сингулярного разложения напрямую, без вычисления спектра ковариационной матрицы, более эффективны и устойчивы <ref>''Bau III, D., Trefethen, L. N.'', [http://books.google.com/books?id=bj-Lu6zjWbEC&pg=PA136&dq=isbn:9780898713619&sig=BmAatL8LDJZZRhfJIFVRHLQNJw0#PPP1,M1 Numerical linear algebra], Philadelphia: Society for Industrial and Applied Mathematics, 1997. (Lecture 31) ISBN 978-0-89871-361-9 </ref>.
+Хотя формально задачи сингулярного разложения матрицы данных и спектрального разложения ковариационной матрицы совпадают, [[алгоритм]]ы вычисления сингулярного разложения напрямую, без вычисления ковариационной матрицы и её спектра, более эффективны и устойчивы <ref>''Bau III, D., Trefethen, L. N.'', [http://books.google.com/books?id=bj-Lu6zjWbEC&pg=PA136&dq=isbn:9780898713619&sig=BmAatL8LDJZZRhfJIFVRHLQNJw0#PPP1,M1 Numerical linear algebra], Philadelphia: Society for Industrial and Applied Mathematics, 1997. (Lecture 31) ISBN 978-0-89871-361-9 </ref>.
-Теория сингулярного разложения была создана Дж. Дж. Сильвестром (англ.[http://en.wikipedia.org/wiki/James_Joseph_Sylvester J. J. Sylvester]}}) в 1889 г. и изложена во всех подробных руководствах по теории матриц <ref>''Гантмахер Ф. Р.'', Теория матриц. — М.: Наука, 1966. — 576 стр.</ref>.
+Теория сингулярного разложения была создана Дж. Дж. Сильвестром (англ. [http://en.wikipedia.org/wiki/James_Joseph_Sylvester J. J. Sylvester]) в 1889 г. и изложена во всех подробных руководствах по теории матриц <ref>''Гантмахер Ф. Р.'', Теория матриц. — М.: Наука, 1966. — 576 стр.</ref>.
 == Матрица преобразования к главным компонентам ==
@@ Строка 147: / Строка 148: @@
 : <tex>\delta^2_k=\frac{1}{\operatorname{tr} C}\left(\operatorname{tr} C -\sum_{i=1}^k \lambda_{i}\right).</tex>
-==Сколько главных компонент нужно оставлять==
+== Оценка числа главных компонент по правилу сломанной трости ==
+[[Изображение:5DFig.png|thumb|Пример: оценка числа главных компонент по правилу сломанной трости в размерности 5.]]
+Целевой подход к оценке числа главных компонент по необходимой доле объяснённой дисперсии формально применим всегда, однако неявно он предполагает, что нет разделения на "сигнал" и "шум", и любая заранее заданная точность имеет смысл. Поэтому часто более продуктивна иная эвристика, основывающаяся на гипотезе о наличии "сигнала" (сравнительно малая размерность, относительно большая амплитуда) и "шума" (большая размерность, относительно малая амплитуда). С этой точки зрения метод главных компонент работает как фильтр: сигнал содержится, в основном, в проекции на первые главные компоненты, а в остальных компонентах пропорция шума намного выше.
+Вопрос, как оценить число необходимых главных компонент, если отношение "сигнал/шум" заранее неизвестно? Одним из наиболее популярных эвристических подходов является правило сломанной трости (англ. Broken stick model)<ref>''Cangelosi R. '', ''Goriely A.'', [http://www.biology-direct.com/content/2/1/2 Component retention in principal component analysis with application to cDNA microarray data], Biology Direct 2007, 2:2. [http://pca.narod.ru/ А также на сайте PCA].</ref>. Набор нормированных собственных чисел (<tex>\lambda_i / \tr C</tex>, <tex>i=1,...,n</tex>) сравнивается с распределением длин обломков трости единичной длины, сломанной в <tex>n-1</tex>-й случайно выбранной точке (точки разлома выбираются независимо и равнораспределены по длине трости). Пусть <tex>L_i</tex> (<tex>i=1,...,n</tex>) - длины полученных кусков трости, занумерованные в порядке убывания длины: <tex>L_1 \geq L_2 \geq \ldots \geq L_n</tex>. Нетрудно найти математическое ожидание <tex>L_i</tex>:
+:<tex>l_i=\operatorname{E}(L_i)=\frac{1}{n}\sum_{j=i}^{n} \frac{1}{j}.</tex>
+По правилу сломанной трости <tex>k</tex>-й собственный вектор (в порядке убывания собственных чисел <tex>\lambda_i</tex>) сохраняется в списке главных компонент, если
+:<tex>\frac{\lambda_1}{\tr C}>l_1 \& \frac{\lambda_2}{\tr C}>l_2 \& \ldots \& \frac{\lambda_k}{\tr C}>l_k.</tex>
+На Рис. приведён пример для 5-мерного случая:
+:<tex>l_1</tex>=(1+1/2+1/3+1/4+1/5)/5; <tex>l_2</tex>=(1/2+1/3+1/4+1/5)/5; <tex>l_3</tex>=(1/3+1/4+1/5)/5; <tex>l_4</tex>=(1/4+1/5)/5; <tex>l_5</tex>=(1/5)/5.
+Для примера выбрано
+:<tex>\frac{\lambda_1}{\tr C}</tex>=0.5; <tex>\frac{\lambda_2}{\tr C}</tex>=0.3; <tex>\frac{\lambda_3}{\tr C}</tex>=0.1; <tex>\frac{\lambda_4}{\tr C}</tex>=0.06; <tex>\frac{\lambda_5}{\tr C}</tex>=0.04.
+По правилу сломанной трости в этом примере следует оставлять 2 главных компоненты:
+:<tex>\frac{\lambda_1}{\tr C}>l_1 \;; \; \frac{\lambda_2}{\tr C}>l_2 \;; \;\frac{\lambda_3}{\tr C}<l_3\;.</tex>
 == Нормировка ==
@@ Строка 189: / Строка 204: @@
 == Анализ соответствий ==
-Анализ соответствий (англ. [http://www.statsoft.com/textbook/stcoran.html Correspondence analysis])...
+[[анализ соответствий|Анализ соответствий]] (англ. [http://www.statsoft.com/textbook/stcoran.html Correspondence analysis])...
 == Специальная терминология ==
@@ Строка 214: / Строка 229: @@
 Метод главных компонент применим всегда. Распространённое утверждение о том, что он применим только к [[Нормальное распределение|нормально распределённым]] данным (или для распределений, близких к нормальным) неверно: в исходной формулировке К. Пирсона ставится задача об ''аппроксимации'' конечного множества данных и отсутствует даже гипотеза о их статистическом порождении, не говоря уж о распределении.
-Однако метод не всегда эффективно снижает размерность при заданных ограничениях на точность <tex> \delta_k</tex>. Прямые и плоскости не всегда обеспечивают хорошую аппроксимацию. Например, данные могут с хорошей точностью следовать какой-нибудь кривой, а эта кривая может быть сложно расположена в пространстве данных. В этом случае метод главных компонент для приемлемой точности потребует нескольких компонент (вместо одной), или вообще не даст снижения размерности при приемлемой точности. Для работы с такими «кривыми» главными компонентами изобретен метод главных многообразий<ref>С этой работы началось изучение главных многообразий. Диссертация ''T. Хасти'': ''Hastie T.'', [http://www.slac.stanford.edu/pubs/slacreports/slac-r-276.html Principal Curves and Surfaces], Ph.D Dissertation, Stanford Linear Accelerator Center, Stanford University, Stanford, California, US, November 1984. [http://pca.narod.ru/HastieThesis.htm А также на сайте PCA]</ref> и различные версии нелинейного метода главных компонент<ref>''Scholz M., Fraunholz M., Selbig J.'', [http://pca.narod.ru/contentsgkwz.htm Nonlinear Principal Component Analysis: Neural Network Models and Applications], In: Gorban A. N. et al (Eds.), LNCSE 58, Springer, 2007 ISBN 978-3-540-73749-0</ref><ref>''Yin H.'' [http://pca.narod.ru/contentsgkwz.htm Learning Nonlinear Principal Manifolds by Self-Organising Maps], In: Gorban A. N. et al (Eds.), LNCSE 58, Springer, 2007 ISBN 978-3-540-73749-0</ref>. Больше неприятностей могут доставить данные сложной топологии. Для их аппроксимации также изобретены различные методы, например [[Самоорганизующаяся карта Кохонена|самоорганизующиеся карты Кохонена]], [[нейронный газ]]<ref>''Martinetz, T.M., Berkovich, S.G., and Schulten K.J.'', Neural-gas network for vector quantization and its application to time-series prediction. IEEE Transactions on Neural Networks, 4 (1993) #4, 558—569.</ref> или топологические грамматики<ref name="TopGram"/>. Если данные статистически порождены с распределением, сильно отличающимся от нормального, то для аппроксимации распределения полезно перейти от главных компонент к ''независимым компонентам''<ref>''Hyvdrinen A, Karhunen J., and Oja E.'', Independent Component Analysis, A Volume in the Wiley Series on Adaptive and Learning Systems for Signal Processing, Communications, and Control. — John Wiley & Sons, Inc., 2001. — XVI+481 pp. ISBN 0-471-40540-X</ref>, которые уже не ортогональны в исходном скалярном произведении. Наконец, для изотропного распределения (даже нормального) вместо эллипсоида рассеяния получаем шар, и уменьшить размерность методами аппроксимации невозможно.
+Однако метод не всегда эффективно снижает размерность при заданных ограничениях на точность <tex> \delta_k</tex>. Прямые и плоскости не всегда обеспечивают хорошую аппроксимацию. Например, данные могут с хорошей точностью следовать какой-нибудь кривой, а эта кривая может быть сложно расположена в пространстве данных. В этом случае метод главных компонент для приемлемой точности потребует нескольких компонент (вместо одной), или вообще не даст снижения размерности при приемлемой точности. Для работы с такими «кривыми» главными компонентами изобретен метод главных многообразий<ref>С этой работы началось изучение главных многообразий. Диссертация ''T. Хасти'': ''Hastie T.'', [http://www.slac.stanford.edu/pubs/slacreports/slac-r-276.html Principal Curves and Surfaces], Ph.D Dissertation, Stanford Linear Accelerator Center, Stanford University, Stanford, California, US, November 1984. [http://pca.narod.ru/HastieThesis.htm А также на сайте PCA]</ref> и различные версии нелинейного метода главных компонент<ref>''Scholz M., Fraunholz M., Selbig J.'', [http://pca.narod.ru/contentsgkwz.htm Nonlinear Principal Component Analysis: Neural Network Models and Applications], In: Gorban A. N. et al (Eds.), LNCSE 58, Springer, 2007 ISBN 978-3-540-73749-0</ref><ref>''Yin H.'' [http://pca.narod.ru/contentsgkwz.htm Learning Nonlinear Principal Manifolds by Self-Organising Maps], In: Gorban A. N. et al (Eds.), LNCSE 58, Springer, 2007 ISBN 978-3-540-73749-0</ref>. Больше неприятностей могут доставить данные сложной топологии. Для их аппроксимации также изобретены различные методы, например [[Самоорганизующаяся карта Кохонена|самоорганизующиеся карты Кохонена]], [[нейронный газ]]<ref>''Martinetz, T.M., Berkovich, S.G., and Schulten K.J.'', [http://pca.narod.ru/MartinesShultenNeuralGas1993.pdf Neural-gas network for vector quantization and its application to time-series prediction.] IEEE Transactions on Neural Networks, 4 (1993) #4, 558—569. На сайте [http://pca.narod.ru/ PCA]</ref> или топологические грамматики<ref name="TopGram"/>. Если данные статистически порождены с распределением, сильно отличающимся от нормального, то для аппроксимации распределения полезно перейти от главных компонент к ''независимым компонентам''<ref>''Hyvdrinen A, Karhunen J., and Oja E.'', Independent Component Analysis, A Volume in the Wiley Series on Adaptive and Learning Systems for Signal Processing, Communications, and Control. — John Wiley & Sons, Inc., 2001. — XVI+481 pp. ISBN 0-471-40540-X</ref>, которые уже не ортогональны в исходном скалярном произведении. Наконец, для изотропного распределения (даже нормального) вместо эллипсоида рассеяния получаем шар, и уменьшить размерность методами аппроксимации невозможно.
 == Примеры использования ==
@@ Строка 247: / Строка 262: @@
 === Сборник современных обзоров ===
-* ''Gorban A. N., Kegl B., Wunsch D., Zinovyev A. Y.'' (Eds.), [http://www.springer.com/west/home/math/cse?SGWID=4-10045-22-173750210-0 Principal Manifolds for Data Visualisation and Dimension Reduction], [http://www.springer.com/west/home/math/cse?SGWID=4-10045-69-173622682-0 Series: Lecture Notes in Computational Science and Engineering] 58, Springer, Berlin — Heidelberg — New York, 2007, XXIV, 340 p. 82 illus. ISBN 978-3-540-73749-0 (а также [http://pca.narod.ru/ онлайн]).
+* ''Gorban A. N., Kegl B., Wunsch D., Zinovyev A. Y.'' (Eds.), [http://www.springer.com/west/home/math/cse?SGWID=4-10045-22-173750210-0 Principal Manifolds for Data Visualisation and Dimension Reduction], [http://www.springer.com/west/home/math/cse?SGWID=4-10045-69-173622682-0 Series: Lecture Notes in Computational Science and Engineering] 58, Springer, Berlin — Heidelberg — New York, 2008, XXIV, 340 p. 82 illus. ISBN 978-3-540-73749-0 (а также [http://pca.narod.ru/ онлайн]).
 == Ссылки ==
-* [http://csnet.otago.ac.nz/cosc453/student_tutorials/principal_components.pdf  A tutorial on Principal Components Analysis], Lindsay I Smith, 2002
+* [http://www.snl.salk.edu/~shlens/pub/notes/pca.pdf A tutorial on Principal Components Analysis], Jonathon Shlens, 22, 2009; Version 3.01.
 * [http://pca.narod.ru Нелинейный метод главных компонент] (сайт-библиотека)
 * [http://ru.wikipedia.org/wiki/Метод_главных_компонент  Метод главных компонент на wikipedia.org]
+== Учебное програмное обеспечение ==
+Java-апплет «Метод главных компонент и самоорганизующиеся карты» (E.M. Mirkes, [http://www.math.le.ac.uk/people/ag153/homepage/PCA_SOM/PCA_SOM.html Principal Component Analysis and Self-Organizing Maps: applet]. University of Leicester, 2011). Свободно распространяемая программа с моделями метода главных компонент, [[Самоорганизующаяся карта Кохонена|самоорганизуюшихся карт]] (SOM) и растущих самоорганизующихся карт (Growing Self-Organized Maps, GSOM). Дано описание алгоритмов (англ.), приведены тьюториалы и некоторые публикации. Используется для выполнения небольших студенческих исследовательских работ по сравнению различных алгоритмов аппроксимации данных.
 == Примечания ==
 <references/>
-{{Заготовка}}
+''Незарегистрированные пользователи не видят примечаний и основных литературных ссылок (дефект системы). Зарегистрироваться безопасно и просто.''
 [[Категория:Метод главных компонент]]
 [[Категория:Регрессионный анализ]]
@@ Строка 264: / Строка 284: @@
 [[Категория:Машинное обучение]]
 [[Категория:Энциклопедия анализа данных]]
+[[Категория:Популярные и обзорные статьи]]

Метод главных компонент

Материал из MachineLearning.

Текущая версия

Содержание

Формальная постановка задачи

Аппроксимация данных линейными многообразиями

Поиск ортогональных проекций с наибольшим рассеянием

Поиск ортогональных проекций с наибольшим среднеквадратичным расстоянием между точками

Аннулирование корреляций между координатами

Диагонализация ковариационной матрицы

Сингулярное разложение матрицы данных

Матрица преобразования к главным компонентам

Остаточная дисперсия

Оценка числа главных компонент по правилу сломанной трости

Нормировка

Нормировка после приведения к главным компонентам

Нормировка до вычисления главных компонент

Механическая аналогия и метод главных компонент для взвешенных данных

Устойчивость главных компонент

Анализ соответствий

Специальная терминология

Пределы применимости и ограничения эффективности метода

Примеры использования

Литература

Классические работы

Основные руководства (стандарт де-факто)

Сборник современных обзоров

Ссылки

Учебное програмное обеспечение

Примечания

Просмотры

Личные инструменты

Навигация

Поиск

Инструменты